У бурундука багато ворогів, головним чином серед дрібних хижих звірів та хижих птахів. Але іноді його переслідують і такі великі хижаки, як ведмідь. Як правило, полює не за самим бурундуком, а розкопує нори, щоб поживитися його запасами.

– Розмістіть по периметру ділянки предмети, які своїм запахом будуть відлякувати звірів. Наприклад, біля коріння дерев та чагарників розсипають кров'яне борошно. Навколо нір можна викласти палички із жуйкою, що має сильний запах. – Препарати із вмістом капсаїцину – речовини, що виділяється з перцю чилі.

Що цікаво, розповіді про те, що бурундуки вішаються на роздвоєних сучках, коли трапляється так, що їх склад запасів на зиму руйнують, поширені серед мисливців.

Живуть сибірські бурундуки поодинці, кожен на своїй території. В одній норі ніколи не зможуть ужитися два звірята. Цим тваринам властива складна система звукової сигналізації. При виникненні небезпеки вони однозначно свистять або видають різку трель, що нагадує пташиною.