Вибирають після того, як вивелося понад 70% каченят і в них повністю висох пух. Під час інкубації яєць мускусних качок укладання 38 яєць у лотки проводять не в похилому або вертикальному положенні гострим кінцем вниз, як у звичайних качок, а в горизонтальному, що забезпечує кращий розвиток ембріона.

Термін зберігання яєць мускусних качок може бути до 10 діб. За деякими даними, не знижує їхньої виводимості й зберігання протягом 14 діб. Це можливо, якщо отримувати яйця з чистою шкаралупою.

Необхідно проконтролювати наявність у господарстві селезня, щоб гарантувати їх запліднення. До закладання яйця необхідно перевертати двічі-тричі на день, щоб ембріон формувався рівномірно, а прямо перед початком інкубації потрібно промити яйця слабким розчином перманганату калію і просушити.