У хребетних з ентодерми розвивається слизова оболонка всього кишечника та пов'язані з ним залози (печінка, підшлункова залоза та ін). У риб, крім того – плавальний міхур і внутрішні зябра, а у вищих хребетних – легені.

Ектодерма формує нервову систему (у хребетних: спинний мозок, периферичні нерви та головний мозок), зубну емаль та епідерміс (шкірний епітелій). Також він утворює органи чуття, епітелій переднього та заднього відділів травної системи.

З Е. у процесі розвитку зародка утворюється стінка первинної кишки, з якої потім розвивається слизова оболонка всього кишечника та пов'язані з кишковим каналом залози (печінка, підшлункова залоза та ін); крім того, з Е. у риб утворюється плавальний міхур і внутрішні зябра, а у вищих хребетних – легені.