На чолі колегії стояв президент колегії, який іменувався канцлером, його заступником був віце-президент, який іменувався віце-канцлером. У випадках особливої ​​важливості, коли складалися грамоти іноземних держав, рескрипти міністрам, резолюції, декларації тощо.

Комерц-колегія була створена Петром Першим у 1716 році. Спочатку нею керував Апраксин, але після того, як указом від 1717 року затверджувалися керівники, керуючим був поставлений Толстой Петро Андрійович (1718–1722). Наступним президентом затвердили Бутурліна Івана Федоровича, який обіймав посаду з 1722 по 1725 роки.

Керівний орган – Присутність – являв собою збори членів Колегії. У голові Колегії стояв президент, який мав звання канцлера, його заступником був віце-президент.

Внутрішня діяльність Петра з 1700 року Під веденням Сенату стояла низка центральних установ, відомих під назвою колегій; вони були засновані у 1718 р. та остаточно сформовані у 1720 р. Колегії замінили собою старі накази.