Основні притоки Олени: Великий Патом, Чай, Вітім, Алдан, Кута, Олекма, Вілюй, Кіренга, Чуя, Молодо, Бірюк, Лунгха, Довга. Найбільшим із них є річка Алдан із середньою витратою води у гирлі 5060 м³/сек і площею басейну 729 000 км².
У середній течії річка приймає великі притоки: Вітім, Великий Патом, Олекма, Алдан (праві); Нюя (лівий).
Вілюй – лівий приплив річки Олени і найдовша з усіх її приток. Протікає територією Якутії та Красноярського краю. Навколо цієї річки розкинулося безліч озер.
Основні притоки. Найбільші ліві притоки річки: Кута, Вілюй, Молодо. Найбільші праві притоки річки: Кіренга, Чаю, Вітім, Алдан, Олекма, Чуя.