Пінгвіни не боялися "червоних хлопців" навколо своєї колонії, оскільки вони не мають ворогів, які пересуваються по землі на ногах або лапах. Головні вороги імператорських пінгвінів мешкають або у воді, як морські леопарди і косатки, або в небі, як поморники та гігантські буревісники.
на пінгвінів полюють найрізноманітніші тварини, у тому числі тюлені, морські леви, безліч птахів, серед яких – чайки, поморники та білі жителі, восьминоги, акули і навіть такі домашні тварини, як собаки, кішки та тхори. Вилучення пінгвінів як ланки з харчових ланцюгів зруйнувало б харчові ланцюги багатьом інших особин.
Для самооборони пінгвіни використовують дзьоб і плавці, що є ефективною зброєю. Але пташенята, що залишилися без нагляду батьків, стають легкою здобиччю для бурого поморника (Catharacta antarctica). Деякі види чайок використовують будь-яку можливість для того, щоб вкрасти яйця пінгвінів.