Для лікування всіх форм пієлонефриту використовують антибіотики різних груп (пеніциліни, цефалоспорини, фторхінолони і т. д.) такі як амоксицилін, ампіцилін, гентаміцин, цефаклор, ципрофлоксацин і т.д.
Насамперед призначають фторхінолони (ципрофлоксацин, офлоксацин, левофлоксацин або норфлоксацин).
Повністю вилікувати хронічний пієлонефрит неможливо: рецидив може статися через переохолодження або в міжсезоння: навесні/восени. Якщо хвороба загострюється більше двох разів на рік, слід приймати антибактеріальні препарати у знижених дозах та вдатися до фітотерапії.