Вкрита роговими утвореннями шкіра рептилій у диханні участі не бере, і основними органами дихання плазунів після вилуплення з яйця слугують парні легені; у змій помітно більша права легеня, в амфісбен – ліва.

Дихають рептилії винятково за допомогою легень, які порівняно з легенями амфібій мають складнішу будову. Інтенсивне дихання легенями стало можливим завдяки появі в рептилій нового відділу скелета – грудної клітки.

Дихальна система представлена легенями та повітроносними шляхами – гортанню, трахеєю, бронхами. Легені мають комірчасту будову. Їхня внутрішня поверхня більша, ніж в амфібій, і кров повніше насичується киснем.

Легені рептилій За аналогією із земноводними, легені плазунів мають мішкоподібну будову, хоча їхня внутрішня структура набагато складніша. Внутрішні стінки легеневих мішків мають складчасту комірчасту будову, що значно збільшує дихальну поверхню. У деяких змій є трахейна легеня.