Після спроб призначити правлячою царицею вдову померлого царя Ірину – сестру Бориса, 17 (27) лютого 1598 року Земський собор (враховуючи в тому числі і «рекомендацію» Ірини) обрав царем швагра Федора, Бориса Годунова, і склав йому присягу на вірність. 1 (11) вересня 1598 року Борис вінчався на царство.

Також царювання Годунова послужило те, що він був шурином царя, оскільки його сестра Ірина була дружиною Федора. Після його смерті хотіли запанувати його вдову, але та відмовилася, порекомендувавши свого брата на трон. В результаті Земський Собор обрав царем Бориса Годунова, який перед цим і так фактично правив країною.

Цар Борис Годунов вживав заходів для зменшення голоду. Він видав указ, яким встановлював граничну ціну на продажне зерно, а повітовим воєводам наказав видавати хліб незаможним людям із містових облогових запасів. Голодні люди попрямували до повітових міст. Але хліба на всіх не вистачало.

23 квітня 1605 року після смерті царя Бориса Годунова на російський престол вступив його син Федір. Царювання Федора Борисовича стало найкоротшим історія Росії — воно тривало 49 днів. 11 червня того ж року 16-річний цар був убитий у Кремлі прихильниками Лжедмитрія I. Федір народився Москві.