Для виявлення та диференціальної діагностики кишкових інфекцій використовуються культуральні та молекулярно-генетичні методи дослідження генетичного матеріалу збудника в калі та визначення концентрації специфічних імуноглобулінів у крові.
Дослідження дозволяє виявити бактерії роду сальмонела та шигела в калі. Аналіз використовується для диференціальної діагностики гострих кишкових інфекцій.
У пряму кишку вводять одноразовий стерильний зонд, обертальними рухами збирають матеріал, зонд виймають і поміщають в стерильну пробірку, яку доставляють в лабораторію. При цьому виявляють мікроорганізми кишкової. групи, що викликають гострі кишкові інфекції (ОКІ) та харчові токсикоінфекції.