На рівні з яйцеклітинами та спермою, заморозити можна також ембріони, отримані після процедури ЕКЗ. У порівнянні з яйцеклітинами, які є більш крихкими клітинами (вона складається на 90% з води), ембріони є більш міцними і краще переносять процес заморожування і подальше розморожування..

Що краще: кріоконсервація ембріонів або яйцеклітин? Коли застосовували лише метод повільного заморожування, ембріони зберігалися набагато краще, ніж яйцеклітини. З появою вітрифікації ця різниця зникла. Кріоконсервацію добре переносять більше 60 – 80% ооцитів і більше 95% ембріонів.

При в такому методі кріоконсервації виживають приблизно 95-96% ембріонів. Інші 4-5% гинуть під час розморожування через генетичну неповноцінність самих ембріоніва не тому, що дана методика має якісь побічні ефекти.

Занурення в стан анабіозу не впливає на якість ембріонів, і після розморожування вони нічим не відрізняються від тих, що не заморожуються ембріонів. Заморожування не впливає на швидкість прикріплення до стінок матки чи ймовірність настання вагітності, загалом.