При тривалому застосуванні у високих дозах можливий розвиток гіперурикозурії, гіперурикемії. При муковісцидозі у разі перевищення необхідної дози панкреатину можливий розвиток стриктур (фіброзної колонопатії) в ілеоцекальному відділі та у висхідній ободовій кишці.

З боку обміну речовин: при тривалому застосуванні у високих дозах можливий розвиток гіперурикозурії, у надмірно високих дозах – підвищення рівня сечової кислоти у плазмі крові. Інші: при застосуванні панкреатину у високих дозах у дітей можливе виникнення періанального подразнення.

При переїданні препарат можна випити 1 раз, щоб полегшити стан. У разі порушення травлення після операції, діагностичної процедури або отруєння курс триває від 7 до 14 днів. Хронічні хвороби потребують тривалішого лікування протягом 3-6 місяців.