Після проведення бронхоскопії можливі ускладнення. Серед ускладнень відзначають пошкодження стінки бронха, скупчення повітря в оболонці легені (пневмоторакс), кровотечу після біопсії, звуження бронхів (бронхоспазм), запалення легенів (пневмонія), алергічні реакції.

Серед абсолютних протипоказання до проведення бронхоскопії: інфаркт міокарда, перенесений менше ніж півроку тому; непереносимість препаратів, які застосовують для місцевої анестезії; порушення серцевого ритму; гострий інсульт; стеноз гортані та/або трахеї; гіпертонічна хвороба; загострення бронхіальної астми; серцеві розлади …

У плані постановки правильного діагнозу бронхоскопію легень не можна замінити МРТ, КТ, рентгенографією та іншими дослідженнями. Ця методика виявлення захворювань органів дихання використовується не за звичайної застуди або бронхіту.