Ендопептидази – Розщеплюють білок зсередини молекули.

Ферменти, необхідні для остаточного перетравлення білків, викидаються підшлунковою залозою у верхній відділ тонкої кишки – дванадцятипалу кишку. Пепсин, що працює в шлунку, разом з трипсином, що працюють у дванадцятипалій кишці, та іншими ферментами. розщеплюють більшість харчових білків до амінокислот.

До основних протеолітичних ферментам відносяться пепсин, трипсин, еластаза та карбоксипептидази. Всі ці речовини розщеплюють білки до амінокислот, але пепсин та трипсин перетворюють білки з великою структурою, інші — з низькомолекулярної структурою.

Розщеплення білків (як і жирів та вуглеводів) починається у ротовій порожнині. У цьому беруть участь слина. Хоча ця відповідь не зовсім коректна, адже по-справжньому відчутна розщеплення починається лише у шлунку. Завершується (знов-таки, як і у випадку з усіма іншими речовинами) у тонкому кишечнику.