Але побачити хромосоми досить складно. Вони мають маленькі розміри, а у світловий мікроскоп розглянути їх складно. Але під час поділу клітки це зробити набагато легше. Справа в тому, що коли відбувається підготовка клітини до поділу, кількість хромосом в ядрі подвоюється.

Отже, "останнє", що видно в оптичний мікроскопЦе деякі внутрішньоклітинні структури: наприклад, мітохондрії або ядро. Можна побачити і хромосому, а ось ДНК усередині хромосоми – вже немає, тому що діаметр нитки ДНК – всього 2,5 нм. Цей фізичний бар'єр долають електронні мікроскопи.

Більшість хромосом в інтерфазі розтягнуті у вигляді ниток і містять велику кількість деспіралізованих ділянок, що робить їх практично невидимими у звичайний світловий мікроскоп.

У світловий мікроскоп можна бачити структуру клітини розміром не менше 350 нм, тому, наприклад, рибосоми, мікротрубочки (товщина близько 25 нм), ендоплазматичну мережу (товщина мембрани близько 6 нм) побачити не можна, а розмір хлоропластів коливається від 4 до 10 мкм – їх можна побачити в світловий мікроскоп.